The only thing is: (chỉ) có điều (là)

Có điều brings in the one drawback after something good, like "the only thing is …" or "it's just that …": Quán này ngon, có điều hơi đông. This place is good; the only thing is, it's a bit crowded. First comes what you like or agree with, then có điều and the catch.

Chỉ có điều adds chỉ (only) and makes the problem sound smaller. Là can follow either form: Ý tưởng hay đó, có điều là hơi tốn tiền.

You know nhưng (but), which simply sets two facts against each other. Có điều agrees first and then adds a reservation, so it sounds softer. It's a kind way to turn down an invitation: Em cũng muốn đi lắm, có điều tuần này em bận. I'd really like to come; it's just that I'm busy this week.

Được cái is its mirror image: the drawback first, then the one good thing. Phòng hơi nhỏ, được cái sạch. The room's a bit small, but at least it's clean. Phòng sạch, có điều hơi nhỏ. The room's clean; the only thing is, it's a bit small.

X thì X, nhưng tips the other way: Ngon thì ngon, nhưng đông quá grants the good point, then lets the objection win. After có điều, the good point still stands.